2003年，作为中国科研体制改革“试验田”的北生所开始筹建，其目标是出人才、出成果、出机制。王晓东是北生所第一、二任所长，他对《中国新闻周刊》介绍，北生所目前每年能获得2.5亿元的稳定经费支持，分别来自北京市、科技部和清华大学。北生所实行理事会下的所长负责制，行政、财务完全自主。

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　　会后，黄令仪问“你们有多少经费”，回答是200万元，但要留100万培养研究生，顶多只能拿100万做CPU。此时黄令仪心中一震，软件费、投片费、人工费、返工费……这个经费要差一个数量级！当时的她有点不敢接，只怕半途而废、不了了之。/p>