2003年，作为中国科研体制改革“试验田”的北生所开始筹建，其目标是出人才、出成果、出机制。王晓东是北生所第一、二任所长，他对《中国新闻周刊》介绍，北生所目前每年能获得2.5亿元的稳定经费支持，分别来自北京市、科技部和清华大学。北生所实行理事会下的所长负责制，行政、财务完全自主。

　　他指出，中国是一个发展中国家，现在的科研资助体系是在上世纪八九十年代建立起来，当时正处于从计划经济向市场经济的过渡，以绩效为导向的资助体系设计是在资源有限情况下，如何让科研经费得到最大化利用，“把钱用在刀刃上”。但在一个推崇竞争和排序的科研支持体系中，最后一定会形成“马太效应”，“已经拿到项目的人越拿越多，少数头部科学家经费充足，但还是不停申请经费”，真正应该得到支持的青年科学家在成长期却可能被边缘化。

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